12-04-2009
|
 | Trusted member | | Tham gia ngày: Jun 2009
Bài gởi: 28
Thanks: 23 Thanked 11 Times in 10 Posts Downloads: 0 Uploads: 0 | |
GAP là một cách đo khoảng cách giữa hai sequences. Bình thường, nếu cứ có một - (substitution) thì cost để align hai sequences được tăng thêm một constant C nào đó. Trong GAP thì các - liên tiếp ( ví dụ --- ) được gom lại thành một 'gap' lớn. Cost để align hai sequence sẽ bao gồm (opening cost = A) + (số '-' tiếp theo) * B (Linear model).
Lấy ví dụ hai sequence:
A- - -B
ABBBB
với opening cost = 3 và cost cho các - tiếp theo là 1 sẽ có cost = 3 + 2 * 1 = 5.
- Quality là total alignment cost between two sequences
| Trích: | |  | | | Các bác làm về Bioinformatics đọc dùm đoạn này với:
-------------------------------------------------------------------------
GAP must make a profit of gap creation penalty number of matches for each gap it inserts. If a gap extension penalty greater than zero is chosen, GAP must, in addition, make a profit for each gap inserted of the length of the gap times the gap extension penalty.
The Quality is the metric maximized in order to align the sequences.
2 cái câu mà tôi đánh dấu màu đỏ, đọc mãi vẫn ko hiểu là nó định nói cái gì nữa. Các bác có chuyên môn về cái này giải thích hoặc dịch hộ 2 cái đoạn đánh dấu màu đỏ giúp với!
Thank you! | | | | |   |