Lâu rồi không post bài nào, tớ mở cái topic này ra để ace post những thông tin khoa học mà mình thích. Vì đây là ở góc chia sẻ tài nguyên nghiêm túc nên mọi người post bài từ những nguồn nghiêm túc chứ không phải báo lá cải kiểu dantri, vnexpress nhé. Và nên có vài dòng description để trả lời câu hỏi 'tại sao ngươi khác cần đọc tin này'.
Native state bao giờ cũng có population lớn nhất, nếu không nó đâu còn là native state nữa.
2. Cái clustering là tuỳ từng algorithm như thế nào? Tôi không làm về cái này nên không rõ lắm, nhưng nếu dùng chương trình ông thầy tôi viết thì khi clustering những peptide nhỏ thì tôi thường dùng cutoff là 2.0 angstrom.
Trích:
Simmerling, C., R. Elber, et al. (1995). "MOIL-View - A Program for Visualization of Structure and Dynamics of Biomolecules and STO - A Program for Computing Stochastic Paths." Modelling of Biomolecular Structures and Mechanisms: 241-465.
Và thực tế là trong paper tôi vừa submit thì tôi dùng 2.0 A cutoff cho clustering. Cũng trong cái paper này, tôi dùng REMD (+ff99SB + igb8) để fold Trp-case (PBDID: TC5b) và HP5H (hairpin, ko có PDB ID mà nó được mutate từ GB1p) từ linear sequence đến native state. Kết quả là ở 300K, tầm 80% population là những structure có RMSD to native (NMR) nhỏ hơn 2.0 Angstrom, most populated cluster có RMSD tầm 1.5 A. Paper của tôi đang được review nên tôi chưa post figure lên đây được.
3. Mục đích của REMD là giúp MD không bị stuck ở một trong các local minimum, nên nếu MD chạy đủ lâu thì cũng có kết quả giống REMD. Nếu không thì bạn validate kết quả của REMD kiểu gì?
Bạn nói câu này " Resources cần để run 1 REMD simulation gấp mấy chục lần 1 standard MD simulation" là không đúng, cái này tuỳ thuộc vào system size và tùy thuộc vào phương pháp REMD (T-REMD hay H-REMD, ...), và tùy thuộc vào dùng explicit hay implicit solvent model.
Trích:
Nếu standard MD simulation mà chỉ cần run dài hơn chút xíu để có kết quả như REMD thì chả ai run REMD nữa cả =)
Đúng là không phải ai cũng dùng REMD cả mà họ vẫn dùng đơn thuần là MD vì REMD có limitation của nó. Thứ nhất là hiện giờ REMD chỉ được dùng cho small system, đói với large system như HIV1-PR thì chịu thua vì không kiếm đủ số replica theo yêu cầu để có energy overlap giữa các replica. Ngoài Temperature-REMD thì còn có H-REMD hay reservoir REMD nhưng các phương pháp này ít được dùng hơn do cũng có nhược điểm. Ví dụ là labmate của tôi đang chạy T-REMD cho chignolin, sử dụng TIP3P để thử nghiệm xem new forcefield (ff10) mà lab đang phát triển có fold được hairpin không, nhưng rồi nó phải chuyển sang normal MD vì dùng explicit solvent model sẽ tốn rất nhiều replica, mà mỗi replica lại yêu cầu rất nhiều cpu nodes, nếu có quá nhiều như vậy thì communication giữa các cpus không tốt làm giảm độ efficiency của method. Thêm vào đó là đôi khi hai replica có potential energy chỉ khác nhau ở water energy nên nếu 2 replica có trao đổi với nhau thì cũng chỉ là trao đổi Water chứ không phải là 2 conformation của peptide, cái này không khác gì chạy MD cả.
Trong một số trường hợp, họ chạy REMD thay vì MD chỉ vì đơn giản là kết quả của REMD converged nhanh hơn MD, ví dụ tôi chạy simulation cho Ala10 peptide thì chỉ cần 50ns cho REMD là có kết quả, nhưng chạy MD thì lâu hơn, có thể là micro second. MD dễ dàng bị stuck ở local minimum nhưng cho nó đủ thời gian thì nó vẫn vượt qua được và chạy qua minimum khác.
DE Shaw cũng toàn dùng MD simulation cho nghiên cứu của ông ấy thôi.
[Only registered and activated users can see links. ]
4.
Trích:
Thiếu gì sequence có thể vừa helix vừa strand
--> Ví dụ?
Trích:
Nếu không phải sợ không có đúng tỉ lệ giữa helix và strand thì tại sao người ta bảo là implicit solvent simulation chỉ nên xài ff96 và igb=5?
Dill là người suggest cái này, và nó không phải là good suggestion vì dùng cái này chỉ để lợi dụng error cancellation giữa solvent model và forcefield. igb5 bias helix, có thể đọc thêm paper của lab tôi.
Trích:
Roe, D. R., A. Okur, et al. (2007). "Secondary Structure Bias in Generalized Born Solvent Models: Comparison of Conformational Ensembles and Free Energy of Solvent Polarization from Explicit and Implicit Solvation." J. Phys. Chem. B 111(7): 1846-1857.
Hơn nữa là dùng ff96+igb5 thì không thể reproduce thermal stability của hairpin và helix được. Và hiện giờ Dill group cũng không dùng cái trên nữa, họ đang dùng ff99SB hoặc ff10 (cả hai đều được phát triển bởi group của lab tôi) + igb8 (tôi làm , cái này có trong Amber11). Với igb8 thì tôi có thể reprodce melting curve của TC5b (helix) và HP5G (hairpin).
PS1: Dill vừa chuyển về Stony Brook chứ ko làm ở UCSF nữa nên lab tôi cũng có interact với nhóm này nhiều hơn.
PS2: Tôi có cảm giác là bạn đang vặn vẹo tôi hơn là thảo luận thực sự (cũng chứng tỏ la bạn rất tự tin về hiểu biết của mình về những vấn đề trên. , it's good for you).
__________________
Bò không ăn cỏ bò ngu
Trai không gái gú trai ngu hơn bò.
thay đổi nội dung bởi: haichit, 11-19-2011 lúc 11:35 AM
Hôm nay lên facebook thấy Science NOW đăng tin khá là chấn động: Một nhóm nhà khoa học Ý đo tốc độ của hàng nghìn neutrinos và phát hiện ra tốc độ của chúng lớn hơn tốc độ ánh sáng. Nhỉnh hơn tốc độ ánh sáng chút thôi nhưng cũng trái lời cụ Einstein rồi. Dân tình choáng quá nên hôm nay chui vào Science NOW chat trực tiếp với 2 chuyên gia từ 3.00-4.00PM.
Tin về thí nghiệm đọc ở đây: [Only registered and activated users can see links. ]
Còn vụ chat với chuyên gia thì ở đây: [Only registered and activated users can see links. ]
Dân tình phản đối ầm ầm suốt cuối cùng cũng có tin chính thức: Kết quả trên là sai do dây cáp nối giữa GPS và máy tính bị lỏng. Mối nối này làm sai lệch 60ns dẫn đến kết quả trên. Tuy nhiên vẫn cần thêm dữ liệu để khẳng định chắc chắn.
Nguồn: [Only registered and activated users can see links. ]
Có tin này cũng ngộ: người ta chụp ảnh não bộ khi nghe một số từ nhất định, hi vọng một ngày nào đó các nhà khoa học có thể chụp hình-quay phim bộ não và "nghe" được" bộ não nghĩ gì.
Nguồn: [Only registered and activated users can see links. ]
__________________ Happy are those who dream dreams and are ready to pay the price to make them come true To view links or images in signatures your post count must be 10 or greater. You currently have 0 posts.
Có tin n y cũng ngộ: người ta chụp ảnh não bộ khi nghe một số từ nhất định, hi vọng một ng y n o đó các nh khoa học có thể chụp hình-quay phim bộ não v "nghe" được" bộ não nghĩ gì.
Nguồn: [Only registered and activated users can see links. ]
Kết quả n y cũng manh nha từ khá lâu rồi, nhưng hồi trước l kết nối điện cực v giải mã được não nghĩ gì, còn giờ thì dùng ảnh chụp sóng não (seem like more elegant). Brain science đúng l hot topic v hứa hẹn rất nhiều. Cứ cái đ n y thì ít nữa người ta có thể trao đổi thoải mái ở bất kỳ đâu m không cần nói hay gõ phím, lại không l m ảnh hưởng tới ai. Trai gái yêu nhau, thay vì tán tỉnh mỏi mồm thì chỉ cần tặng nhau 2 cái blue tooth, c i lên tai l xong .
__________________ Stay hungry, never foolish - Hãy cứ khát khao, nhưng chớ dại khờ
Đảm bảo cái bluetooth của anh Xuân không thể ra đời. Ai dám để người ta biết hết được suy nghĩ của mình chứ.
__________________ Happy are those who dream dreams and are ready to pay the price to make them come true To view links or images in signatures your post count must be 10 or greater. You currently have 0 posts.
Suy nghĩ con người diễn biến cực nhanh, cực khó điều khiển theo ý muốn. Người ta khéo nghĩ xấu bét nhè rồi mới nhớ ra phải tắt bluetooth ấy chứ
__________________ Happy are those who dream dreams and are ready to pay the price to make them come true To view links or images in signatures your post count must be 10 or greater. You currently have 0 posts.
Suy nghĩ con người diễn biến cực nhanh, cực khó điều khiển theo ý muốn. Người ta khéo nghĩ xấu bét nhè rồi mới nhớ ra phải tắt bluetooth ấy chứ
Nếu chế tạo được cái bluetooth như vậy chắc sẽ có phần mềm gì tương tự Parental Controls để quản lý . Lúc đấy sẽ đánh giá một người dựa trên việc người đó nghĩ tốt về người khác nhiều hay ít, tương tự như like button (not dislike) trên forum.
65 triệu năm trước, một tiểu hành tinh đâm sầm vào trái đất khiến cho loài khủng long tuyệt chủng. Từ đó các loài động vật có vú (mammals) mới sinh sôi phát triển tiến hoá rồi dần dà loài người chúng ta mới có mặt trên đời này. Đó là niềm tin bấy lâu nay. Tuy nhiên mới đây, Gregory Wilson, một nhà paleontologist (khoa học nghiên cứu sự sống các thời kì trước bằng cách nghiên cứu hoá thạch) tại U. of Washington, Seattle, phát hiện ra rằng động vật có vú đã xuất hiện và phát triển từ trước đó hàng triệu năm rồi, chứ không phải chờ đến khi khủng long tuyệt chủng.
Kết quả này dựa trên nghiên cứu về loài "đa nốt" (multituberculates, tạm gọi thế nhé, tớ chả biết dịch ra thế nào cho xuôi), một loài thú lớn cỡ con chuột, tăng trưởng nhanh cùng lúc với các loài hoa đang tiến hoá mạnh. Tên loài "đa nốt" là do răng hàm của nó có nhiều nốt gò nổi lên. Loài đa nốt xuất hiện cách đây 165 triệu năm, và tuyệt chủng cách đây 34 năm (hơ hơ, chúng nó sống khoẻ 100 triệu năm rồi khủng long mới tuyệt chủng. Vậy mà ai cũng nghĩ khủng long chết hết rồi chúng nó mới sống được)
Sự tiến hoá của loài đa nốt được tìm hiểu thông qua hoá thạch răng của chúng... Xin lỗi, tớ buồn ngủ quá đi mất, các bạn vào đọc bài gốc nhé:
[Only registered and activated users can see links. ]
__________________ Happy are those who dream dreams and are ready to pay the price to make them come true To view links or images in signatures your post count must be 10 or greater. You currently have 0 posts.
Đọc tin (hay) khoa học hộ bạn!!! 
, cái này có trong Amber11). Với igb8 thì tôi có thể reprodce melting curve của TC5b (helix) và HP5G (hairpin). 
, it's good for you). 
